Cốt truyện kể về cuộc phiêu lưu của Minamoto no Yoshitsune khi anh trốn khỏi chùa rút xuống núi và gánh vác trọng trách đánh bại gia tộc Taira nhằm trả thù cho cha mình. Lúc bắt đầu cuộc hành trình của mình, anh đã gặp gia tộc Tamayori là những người đang bảo vệ Amahagane (天 钢) - hòn đá quyền năng cho phép chọn lựa cá nhân để phát huy sức mạnh ma thuật được gọi là Kamui (神威).

Cốt truyện của trò chơi diễn ra khoảng phần thứ ba của Truyện kể Heike nói về đỉnh cao danh vọng của Yoshitsune trong cuộc chiến chống lại nhà Taira trong khi thuở ban đầu của nhân vật thì dựa trên thông tin từ quyển Gikeiki. Nhiều người trong số các nhân vật trong game cũng xuất hiện trong bộ truyện sử thi này. Cốt truyện và khoảng thời gian của trò chơi tương ứng với cuộc chiến tranh Genpei khi cả hai gia tộc sát phạt lẫn nhau nhằm giành quyền thống trị đất nước. Kết quả là bên Minamoto đã giành chiến thắng dẫn đến việc thành lập Mạc phủ Kamakura mở ra thời kỳ Kamakura. Đây được xem là sự khởi đầu của thời đại giới samurai thống trị Nhật Bản và đó cũng là tên gọi của game.[2]